Movable Typeにテーマを入れていて、そのテーマでテンプレートを構成している場合で、MTのアップグレードを行うと、アップグレード後のテンプレート内の「システムテンプレート」が全て消えていて、「システムテンプレートが見つかりません。 」の文言が出ている時があります。でも、再構築をすると、きちんと行えるので、システムテンプレート自体はテンプレートとして内蔵されているようなのですが、ただそれがインターフェース上に表示されていないようです。

アップグレードの仕方にもよるのでしょうが、私の場合、アップグレード用のMTのzipフォルダをサーバ側にアップロード後、サーバ側で解凍し、これまで使用していたMT用のフォルダ名を別の名前に変更し、新しく解凍されて出来たフォルダに従来のMT用のフォルダ名を付け、過去のMTフォルダ内からconfigファイルをコピーし、新しいMT用のフォルダ内に貼り付け、フォルダ内のcgiファイルのパーミションを全て変更することでアップグレードを短時間で終わらせています。

この方法でアップグレードを行うと短時間で確実にアップグレード出来るのですが、プラグインやテーマなどを該当フォルダに入れている場合は、それが新しいフォルダに反映されないので、それらが有る場合は、それらを新しいフォルダにも反映させてあげる必要があるのですが、これが抜けていると、私の場合（テーマを新しいフォルダ内に入れてあげていない場合）、「システムテンプレートが見つかりません。 」の文言表示となり、システムテンプレートが全て表示されていない状態になっていたようです。これを新しいフォルダの方にちゃんと入れてあげることで、またシステムテンプレートが表示されるようになります。