じゃぁ他のテンプレートは？と思い試してみると、うまくいくようです。
なぜだろう？と思い、問題となっているTemplateInstaller.plの行82番目を見てみると、config.yamlというファイルがどうも関連しているみたいでした。と言うことで、他のテンプレートセットが入ったフォルダを見てみると、このconfig.yamlというファイルが入っており、これでもってファイルの諸所を指定をしているようなのです。なるほど！まだconfig.yamlを作っておらず、試していませんが、たぶん、これでうまくいくと思います。

これまでのMTだと、StyleCatcherでスタイルだけを変更するか、Template Backup and Refreshでデフォルトのテンプレートだけ変更するか、という限界があったのですが、これからはこのプラグインで色んなテンプレートがクリック一つで構造と見栄えの両方を一気に変えることができるようになります！なんとすばらしい☆