MTOS4.25で、Multiblogを使い、Includeでメインのブログのモジュールであるヘッダーなどを呼び出すと、「＜mt:CommunityScript＞は存在しません」というメッセージが表示されます。（MTOSにはコミュニティー版は含まれていません。）

チェックしていないのでわかりませんが、多分、コミュニティー版が無い商用MTでも同じメッセージが表示されるのかな～？と思います。でも、確認していないので分かりません。
【追記：商用MTでだと問題ありませんでした。】

で、早速調べの旅に出たところ、「Movable Type 備忘録」さんの、「訪問者さんのプロフィール編集を可能にする」のコメント欄に、同じメッセージが表示される方が居られたようで、それで状況がなんとなくわかりました。

Multiblogを使ってメインのブログの「ヘッダー」を呼び込む記述にしているのですが、管理画面上の右手に表示される「インクルードテンプレート」で呼び込まれているのは、グローバルテンプレートの方の同じモジュール名である「ヘッダー」で、そのヘッダーに＜mt:CommunityScript＞関連の記述があるらしく、それで、「＜mt:CommunityScript＞は存在しません」というメッセージが表示されるようでした。（ちなみに、MultiBlogを使用していないメインのブログの方で、モジュールである「ヘッダー」をIncludeしていても、こちらでは問題ないらしく、メッセージは表示されていません。）

でも、管理画面上でだけの不都合のようで、実際再構築すると問題は無く、ちゃんとメインのブログの「ヘッダー」が読み込まれており、サイトが構築されました。でも、この「＜mt:CommunityScript＞は存在しません」というメッセージの背景色が黄色でアラート感一杯なので、サイトの構築に問題なくても、そこに表示されていると、なんだか落ち着かないものですね。