ここで、ちょっとポイントなのは、「/」から始まっている絶対パスになっている初期状態だと、パスが「/○○/」という風にフォルダ名の後にもスラッシュが付いていて、通知機能で届くメールに記述されているリンク先が「/○○//mt-add-notify.cgi?～～～」のように○○の後ろのスラッシュが2重になってしまうので、「http://」からのパスに変更する際、「http://www.■■.com/○○」というように○○の後ろにスラッシュを入れないでおくと、届くリンク先も、「http://www.■■.com/○○/mt-add-notify.cgi?～～～」という風になって、スラッシュが2重にならないので、ここも変えておくと良いと思います。

【追記です】CGIパスにおいて、フォルダの後のスラッシュは省くと、通知の際のリンクにおいてスラッシュが2重にならなくて良い・・と書いたのですが、これだと、フォームがあるところなどでCGIパスを使うことがある場合、たとえば、＜$MTCGIPath$＞を使う場合、スラッシュが抜けてしまうので、MT3のmt-config.cgiにもあるように、やっぱり「http://www.■■.com/○○/」のようにしておいた方が良いようです。と言うことで、通知の時に2重になるスラッシュはMTさんの方で訂正してもらうしかないということで・・。